企业在经过内审和管理评审后，如果确认公司环境管理体系认证基本符合ISO14001环境管理体系认证标准要求，且运行充分、有效，可向认证机构提出认证申请，进入ISO14001环境管理体系认证审核阶段。
认证审核是认证机构受企业委托，以第三方身份对企业的ISO14001环境管理体系认证与体系标准的符合性和运行、保持的有效性进行审核验证，并确定是否向企业发放认证证书的过程。
受理后认证机构会派出审核组，审核组对企业实施认证审核。认证审核包括第一、第二阶段现场审核。在企业完成第二阶段现场审核开具有不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准企业的认证注册和颁发认证证书。
认证证书有效期为三年，在三年内，企业要多次接受认证机构监督审核，在三年后，企业要申请复审，重新注册获得证书，此过程同每次一次认证取证一样。