1计价方法缺乏科学性
目前我国工程造价的确定都是结合预算进行，大部分确定工程造价的方法都是滞后性与静态性的。即按取费标准计算直接费、间接费、利润、税金，再依据规定进行调整、补充，最后得到工程造价，其确定根据是定额，定额单价的基础常常是几年之前的机械台班、材料、人工价格等。尽管各地借助一些补差或者是调整系数定期地调整目前的市场价格，可是因为国内当今应用与开发的工程造价管理信息系统依旧难以实时地将要求的信息提供给造价管理工作者，如此滞后于静态的决定价格的手段难以跟不断改变的市场经济需要相符合。且近些年国家针对施工单价的规定每年都在变动，因此这种计价方式计算出的工程造价并不科学。
2不完善的造价管理体系
国内的工程造价管理体系不够健全，未曾增强全面和全程管理全部建设项目的管理观念。施工单位、设计单位、建设单位等参与建设方在管理造价方面不具备一致性的交流合作与目标，大部分的监理单位也主要将精力放在施工阶段的管理上。当前的造价控制当中，合同管理占据非常关键的地位，可是其未曾完全地法制化与规范化。这是因为：(1)合同条款不严谨，在执行合同的时候合同两方理解的合同条款不统一，导致意见的出现，进而不利于工程的正常开展；(2)缺少对合同法律性的认知，不能够做到有法必依。
除了以上主要问题，水利水电工程造价中还存在其他的一些不足，如：监督机制不完善，通过不正当竞争获取暴利的现象严重；轻视设计阶段造价控制，导致造价管理失衡；部分建设参与者不按程序办事等；前期准备工作不充分，在水利水电工程建设的过程中，建设单位往往将关注的重点放在工程施工和决算阶段，很容易忽略前期的各项工作等，这些都严重危害水利水电工程造价的管理，不利于工程的顺利建设。