在调查摸底和初步掌握被审计对象相关情况的基础上，要抓好三个方面的分析。
一是对被审计对象的管理现状进行调查分析。分析被审计对象在财务管理、财产物资管理及相关业务管理上存在的薄弱环节，从被审计对象内部挖掘提升经济效益的突破口。
二是对审计对象所处的行业情况、宏观政策情况进行调查分析。调查分析行业管理的现状和特点，掌握行业管理标准，调查分析政府在宏观政策上对行业发展的影响程度，从宏观管理层面挖掘开展效益审计的突破口。
三是对开展效益审计的条件、前景做好分析。开展效益审计关键在于审计的结果能否被重视，审计的意见能否在改进管理上发挥作用。
因此在调查分析效益审计对象的管理现状、行业状况和宏观政策的基础上，还要分析开展效益审计的条件，预测审计的结果，对预期能够取得较好效果的事项，要纳入审计的重点，反之则应摆在次要位置或舍弃。