FSSC 22000 决定在目前的审核和认证框架下，增加一个基于ISO9001的单独的认证模块——食品质量管理体系（QMS、，这将为组织提供通过FSSC 22000审核，获得食品安全和质量管理体系认证的可能。
是否增加QMS模块是组织的自愿行为。组织可以选择只接受食品安全审核，或者是接受一个增加了QMS模块的FSSC 22000 认证审核，也就是一个整合的食品安全和质量管理体系的审核。
“食品质量管理体系认证（FoodQMS certification、”超出了全球食品安全管理倡议（GFSI、的基准和认可。但是，GFSI和ISO现行和未来的一切基于有效性和一致性的需求，均将应用于这个新的QMS模块。这将意味着，提供FSSC 22000 QMS模块认证的机构，必须获得ISO9001认可，审核员也必须符合所有相关能力的要求。
ISO9001标准具备很强的顾客导向性，有助于确保顾客得到始终如一的高品质的产品和服务。它同时包含了产品设计和开发的要求。